Après des études de cinéma à la San Francisco State University, Khalil dirige de 1998 à 2002 le Festival du Cinéma Arabe de San Francisco, Cinemayaat. Il retourne au Maroc en 2003 pour réaliser son premier long métrage, Le fil blanc avant de se rendre au Qatar en 2008 pour produire des films pour la Jazeera Children Channel.
En 2011, il rejoint le Doha Film Institute où il gère depuis le programme de soutien aux films. Khalil est membre fondateur de la Cinémathèque de Tanger et membre du Conseil d’administration du Young Arab Theater Fund (YATF).